Bonaparte es el hijo de un marinero italiano. Había nacido en Rosario, Argentina, y se crió en Mercedes, Buenos Aires. A pesar de la falta de formación en la paleontología, empezó a recoger los fósiles en una edad temprana, y creó un museo en su ciudad natal. Más tarde se convirtió en el conservador de la Universidad Nacional de Tucumán, se fue nombrado Doctor Honoris causa [2] en 1974 y, a continuación, a fines del decenio de 1970 se convirtió en un alto nivel científico en el Museo Nacional de Ciencias Naturales en Buenos Aires.
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